人教大兴，轩辕黄帝屡屡得胜。蚩尤战败，巫族众人痛苦不堪。由于轩辕战蚩尤时，昊天天帝派九天玄女赠送天书支援，于是大巫刑天一怒之下欲伐天庭，逆天而行。刑天大战昊天天帝，被昊天天帝一剑斩下头颅，不料刑天怨念太深，冲天的暴戾之气吓跑了昊天天帝。
巫族残存势力极少，其中以九凤为首。随后，人巫两族主张以和为贵，不料巫族首领九凤被颛顼偷袭算计，中了轩辕剑后重伤，逃进了洪荒星空。在洪荒星空中，九凤恢复伤势，更炼化了三颗太古星辰（七杀、破军、贪狼）。随后打算回到洪荒人间，杀死转世的颛顼，以报被辱之仇。至此，巫族、妖族两族彻底销声匿迹，不复存在。
天地未开，世界本是一片混沌，空无一物，虚无缥缈。不知过了多久，混沌孕育出了世间第一个生灵--盘古。又不知过了多久，孕育出了世间第二个生灵--女娲。随着混沌自然孕育而出的生灵逐渐增多，运转鸿蒙的无上大道化显为一道人，于紫霄宫讲大道，讲开天辟地，定地火风水，是为鸿钧。
鸿钧座下大弟子盘古，另有弟子女娲，东皇太一(女娲后为妖之祖，与东皇太一共为妖族领袖)。另有无数仙、妖、各种存在。听讲人中，有两人，分别为准提道人和接引道人。
不知何时，盘古遵鸿钧法旨，以盘古幡开天辟地，以太极图定地火风水，分清浊乾坤，开辟世界，演六道轮回，生生不息。盘古薨，元神化为三清(太上老君、元始天尊、灵宝道君)，那身体精血大部分便化为十二祖巫，还有一小部分流转于六道轮回之中。(十二祖巫:帝江、共工、祝融、蓐收、句芒、后土、玄冥、强良、奢比尸、烛九阴、天吴、弇兹)
鸿蒙开辟以来，便有无穷无尽地世界产生，大多数是一片混沌，并未开辟，在其中，所知有两界:人间界、天界。另有一例外，六道轮回，两界皆在六道轮回附近。人间界无穷大，不可想像之大，称为洪荒。
后女娲造人，人类开始繁衍。东皇太一带领上古妖族，一部分为天庭，掌天，立有天条;一部分为下界子民(所以此时，也称为天皇年间)而十二祖巫掌管六道轮回，立有地规，六道轮回中的盘古精血随人类、妖族的轮回，附着于魂魄之上，再生出来，便有天生神通，是为大巫，形成巫族。
洪荒之时，有大神通者，不堪人间纷扰，破开虚空，寻找能居住的世界，或自己以大法力创造空间(比如阿弥陀佛，演西天极乐)。不知何时，一上古仙人名为镇元子，寻找到了地仙界，无数人间界居民移居至地仙界，尊称镇元子为“地仙之祖“。
盘古元神所化三清，由于经历了开天辟地，不知何时证得了混元道果，为混元无极圣人。又不知何时，女娲也证得混元。又不知何时，准提道人、接引道人，一见菩提、一见莲花，也证得混元。
六道轮回附近，鸿蒙开辟以来，生成地狱黄泉，其中有幽冥血海。在幽冥血海中，天生孕育了一个胎盘，后成为冥河教祖，有大神通，演阿修罗一族，有四大弟子，为:自在天波旬、欲色天、大梵天、湿婆。自在天波旬又为阿修罗魔王，与其妻天妃乌摩育有七十二阿修罗公主。另有因陀罗、毗湿奴、鲁托罗、鬼母等。阿修罗一族吞噬六道轮回的生灵魂魄，增强自身实力。因巫族势大，阿修罗一族不出血海，潜心静修。
巫族之中，十二祖巫法力高强，直追混元无极圣人，虽然有元神，但道行浅薄，如不能重聚为盘古真身，则证不得混元。而大巫，则无元神，但天生神通，法力高强，形成共工、祝融、有熊、九黎、防风等许多部落。大巫有夸父、后羿、蚩尤、刑天、嬴政、白起等。
天庭中，东皇太一为天帝，手下众多上古妖兽，都是肉身修炼，掌管周天星斗、日月更替，可借星力修炼，那星斗就是以此命名。那星斗至尊太阳星，更是由自己十个儿子三足金乌交替管理。东皇太一，根据后天之数，创有两大守护阵法，一是周天星斗大阵，二是混元河洛大阵。鲲鹏祖师为天庭妖师，又有计蒙、英招、毕方、饕餮、青牛等妖神。
至此，妖掌天庭，巫行人间。
人间界中，祖巫好战，共工与祝融不知何故在不周山大战，双双身损，其间共工怒触不周山，天柱断，女娲补天。东皇十子犯过天条，东皇责罚轻，大巫夸父不满，行逐日之事，东皇十子杀夸父。大巫后羿大怒，举部落之力，加以巫族各种秘术，造箭射杀九只金乌。后羿又被众多妖神杀死，东皇第十子取夸父、后羿精气于一葫芦，是为斩仙飞刀。(在封神一战中，东皇第十子化为陆压道人，大放异彩)
由此，引起巫妖大战。巫族有剩余十祖巫，妖族有东皇太一凭借周天星斗大阵和混元河洛大阵守护天庭。经此一战，东皇太一与祖巫俱身损。若干上古妖族身亡，剩余有的躲藏起来，有的归附仙道(如灵宝道君所创截教，被尊称为通天教主)，巫妖两族由此势弱。
此后阐教(元始天尊所创，其弟子有云中子、十二金仙等)