尽管入侵和攻占异国的残酷现实不容置疑，但是拿破仑却为后代做出了法国人在落后的法老王领地执行“文明使命”的先例。拿破仑带来了现代的机器，他研究埃及的人文地质。1799年，布沙尔上校发现了“罗塞塔石碑”1，艺术家德农在底比斯、卢克苏尔和卡纳卡发现了大量古代神庙的遗址（包括法国军队后来带回法国置于杜伊勒里宫花园里的方尖塔）。但是，也许拿破仑最伟大的创举就在于他创建了埃及科学院，他将其视为传播文明的最有力的手段。
埃及科学院建立于1798年8月22r，此举在督政府和法国人民的眼里，在历史上以及在埃及人的印象中都被认为是一件好事。但它的意义远不止于此，这得益于蒙r、贝托莱和他们的同事们的积极参与。特别是蒙r，他现在每天都在开罗与拿破仑见面，得以逐渐影响拿破仑，使其认识到以知识分子而不是政客作为组建政府以及政府执政方向的指导力量的重要x。拿破仑一贯喜欢视自己为“公仆”——当然是有学问的公仆（他甚至在发布军事命令时常常签上“科学院院士”的字样），他在业余时间通常和考古学家、历史学家和科学家在一起，而不是和粗鲁的士兵在一起。这些科学家的非凡创造力使法军不必依赖欧洲本土的后方，而在埃及自给自足地生存下去。
严格说来，科学院有3大目的：一是在埃及传播知识和技术；二是研究埃及的博物学历史、工业和人文历史；三是“为政府出谋献策”——最后一项实际上是其主要的功能，它是埃及第一个完全有组织的科学智囊团。
第九章 失败的y影（3）
科学院分成4个部门：数学部（包括蒙r和拿破仑）、物理和政治经济部（包括解救过约瑟芬的前督政塔里昂）和文学艺术部（包括德农，未来的卢浮宫艺术馆馆长）。拿破仑还亲自在缺乏人才的埃及从自己的军官和士兵中选拔合格的科学院成员。
科学院院址设在被没收的马穆鲁克宫廷，离厄尔费宫仅数英里路程。蒙r、贝托莱和其他院士就居住在这两个宫廷里面。同时，在那里还有植物学、物理学和化学实验室、科学资料和埃及古玩以及拉丁文、希腊文和阿拉伯文的图书馆。
科学院于8月23r在院长蒙r的主持下举行了成立仪式，但其实际的院长无疑是副院长拿破仑。拿破仑给科学院的第一个课题是立即为法国军队改良面包烤炉，以提高效率和生产量；研究啤酒花的可能的替代品，以便为军队提供啤酒；用最好的办法净化取自尼罗河的饮水以及适于埃及使用的风磨和水磨；建立铸造厂和制硝厂以生产机器、工具和火药。此外科学院还研究适用于埃及的民事和刑事司法制度和教育制度。拿破仑每周都要亲临科学院数次，能摆脱司令部来到这里，他总是很高兴。
科学院的设立为帮助拿破仑解决军队面临的各种技术难题起到了不可估量的作用，同时，确立了蒙r在他心目中的无可辩驳的地位。蒙r作为政治行政委员会的高级成员控制着埃及大部分的“本地”行政手段；现在，他又主持着在这个国家进行的一切科学研究工作。
回过头来说，在阿布基尔海战失败后不久，8月15r，拿破仑的29岁生r聚会很少有喜庆的气氛；甚至他的9名副官以及他的养子欧仁·博阿尔内和愁眉苦脸的弟弟路易·波拿巴也只是敷衍了事地对他道了一句生r快乐而已。海军失败的y影似乎笼罩了一切。拿破仑的远征军在中东的形势发生了急剧的变化，埃及被地中海上强大的英国海军封锁，迫使拿破仑放弃了他原来制定的进攻印度的计划。
拿破仑曾经想过，在攻占了马耳他和埃及后，回到法国以当代英雄的身份推翻督政府。这在目前看来也是不可能了，法国舰队的失败抵消了他前面所取得的一切胜利。拿破仑需要在返回巴黎之前进行新的征服，还有什么样的征服比征服圣地（巴勒斯坦）、大马士革和君士坦丁堡更有影响的呢？
拿破仑开进新征服的开罗时忧心忡忡，完全不是一个征服英雄应有的模样。只有蒙r和布列纳知道其中缘由。拿破仑发现埃及所面临的问题比他原来估计的要大得多，也复杂得多， 包括对埃及人民的反抗情绪的错误估计。当备受相思折磨的贝尔蒂埃被准假回欧洲投入他意大利情妇维丝孔蒂（vii）的怀抱时，拿破仑也急于回到法国去见约瑟芬。
拿破仑年轻的副官朱诺曾对拿破仑报告说： 约瑟芬和夏尔的fēng_liú韵事仍在继续。这对于本以为噩梦已经过去的拿破仑是一个沉重的打击。贝尔蒂埃和朱利安都对拿破仑承认：在意大利战役期间经常看到约瑟芬和夏尔厮混在一起。“一切都昭然若揭，”拿破仑给他的哥哥写信道，“对心上人产生如此复杂的感情，真是一件可悲的事。”在海军舰队覆灭的消息之外又加上这样一件事，对拿破仑无疑是雪上加霜。不过倒霉的事还在后面。
拿破仑已经断了自己在巴黎的政治后路，在督政府里没有了朋友。至少他们不会急于前来营救这位被困的英雄，拿破仑悲叹道：“他们嫉恨我，恨不得我死在这里才快活。”即使他们打算组建一支新的地中海舰队前来营救他，建造和修理军舰也不是朝夕能够成功的事。即使督政府有条件派出军队和舰只前来埃及救援，难道法国海岸就不需要保护吗？事实上，拿破仑应该承认由于他的