正德继位后大张旗鼓的改革终于开始了，其实在此之间刘瑾已经做过一次改革，只不过那一次是令出于中官，而且根本不经朝臣廷议，所改革的内容也是五花八门，怎么能控制人怎么来，而这一次虽然只有十条，却条条直指整个天下最尖锐的几项问题：吏治、税制、土地、兵制以及部分学制。
刘瑾当政时大权独揽，但凡对他的改革有反对者立即以各种名义逮捕或罢官，而这一次却是内阁、六部‘倡议’下，科道系统全体拥戴下出台的，而且杨凌和内阁的人反复探讨，针对可能出现的各种诘问从政策上予以完善、堵塞漏洞，每推出一条，都详细说明旧制的弊端，新制针对哪些部分，为什么做出改动，令得反对者也无法开口，所以皇帝一经批准，政策推出异常顺利。
《大明勘乱法》、《大明募兵法》、《大明税赋法》、《大明工商法》、《大明移民法》、《大明科举法》、《官吏考成法》一一出台，在大明腹地正在用兵剿匪、西北江山风云突起的时候，给浑噩陈腐的朝纲注入了一股清泉。
朝廷中的有识之士并不少，尤其是这次流民造反真的成了改革的强大助力，造反者短时期内竟然聚起这么多响应者，北方几大重镇无数富绅豪门不但破家而且灭门，朝廷财政处处拮据的现象，把他们从太平盛世的幻象中打醒过来，这种种惨剧对他们深有触动。他们也知道民意不可违，朝廷是该进行一番改革了。
正德皇帝下旨，再次明确减免京畿，山东，河南，河北等地税粮，并宣布流民复业者。官给廪食、庐舍、牛种，以抚慰流民之心，并对去关东移民者施以种种优惠政策，开拓土地归个人所有、三年之内不纳钱粮等等，这一来许多正常人家也动了心思。
尤其家中子女较多的，包括所多军户人家，因为按照民间惯例，家产是由长嫡子继承的，其余诸子只能自谋生路，趁着年轻在关外创下一片基业，拥有自己的土地、田庄，何乐而不为？更何况这些人没有后顾之忧，一旦失败再返回家中就是了。于是许多在家中不是长子的年轻人都纷纷报么，东北三卫拥入的移民开始增加大批不携家眷的拓荒者，这些人将成为团练部队的主力。
朝廷内部也进行了整顿，现在内阁当中以焦芳为首，但是李东阳的激流勇退给了这位晚年才得以一展报复的焦阁老很大触动。他主动请旨，以老迈之身巡视山东，河南，河北，山西等地。
这些地方共用因战乱而离散家乡的难民三十余万，这些人都是随时可以点燃的干草。现在他们虽然到处乞讨，还看不出乱子，可是只要今年冬天这些人得不到安置，无处居住、没有衣穿、没有饭吃，造反还将随时发生。
焦芳请了圣旨，以钦差身份巡视地方，督促各地府城官仓存粮减低价格，折纳钞票，粜给农民，并令谕以上各地布政使在流民较多的地方，编成里甲，新立乡都，就地安置，防止他们继续流窜。
流民较零散的地方，则就地安插于附近各州县原有的乡都户籍中，但也新立里长，加以管理，更各拨给境内荒田或黄河退滩地，又量给耕牛种籽，使流民得以从事生产。农民有房有地，有了生存的希望，就绝不会把脑袋系在裤腰袋上去造反。
朝中大事由杨廷和主持，成为实际上执掌朝政的人，这也是微妙的权力调整，争取到杨廷和一派的全力支持，杨廷和革除弊政，减轻穷困地区的漕粮和赋税，遣返宫女乐人，释放无辜囚徒，清查空饷兵额，仅这些每年就为朝廷节省财赋百万余两。
江南士绅趁机鼓动他们的利益代言人，请求降低江南赋税，对此杨廷和却坚决拒绝，江南是杨凌改革的重点，这些官员见杨廷和不允，便转而去求杨凌，不免说出杨廷和许多谗言来，又将江南百姓的苦处说的十分不堪。
江南富甲天下，杨凌是知道的，江南百姓富过其他地方，这一点他两下江南也深知肚明，杨廷和的穷地少征、富地多征有点类似现代的个人收入调节税，是一项很有效的税收平衡杠杆，所以杨凌对他十分支持，对这些游说官员全都打发了回去。
两个人虽然由于杨一清的原因，私交不太好，却都能以大局为重，彼此心照不宣的配合着对方行动。其实要说江南百姓赋税重，其实并不假，但是原因不在朝廷赋税重，根源仍在土地兼并和旧的税制。
土地兼并本身并不是问题，如果土地全部归于国有，那算不算一种最大的土地兼并？土地是国家的也好，富绅的也好，他总要找人种的，就算真有那权力把土地全部返还农民，让人人有自己的土地，农民无论是持家理财也好、种地经商也罢，素质同样有高有低，过上百十年，优胜劣汰，土地还是会很自然地向少部分人手中集中。
问题是土地兼并者都是皇亲国戚、权宦世家，他们一旦把土地集中占有，就利用特权瞒田逃税，土地被兼并愈多，朝廷的税收愈少。皇亲国戚、有爵位的勋臣、有权势的太监、有功名的乡绅，倚仗特权，贿赂官府，隐占户口，瞒田偷税，逃避差役。
这样朝廷税赋就全压在自耕农身上，朝廷制订的原有税赋是人头税，这些没有特权的农民田地没有多少，交纳的赋税却越来越多，于是越来越穷，田地不得不典当给富人。转而成为佃户，于是朝廷的赋税也每况逾下。
一条鞭法、摊丁入亩，从赋役制