投降时，4；000人的守军被解除武装，在拿破仑的两名副官博阿尔内和克鲁塞的押送下走出城来，法国人向战俘承诺将保证他们的生命安全，他们被带到拿破仑的帐前。拿破仑走出帐来，只见战俘黑压压一片，他转头质问博阿尔内和克鲁塞：“你们要我拿他们怎么办？” 由于粮食匮乏，法军的给养还不够自己吃，而且也没有足够的水，甚至没有足够的人力押解战俘回埃及。拿破仑召开了军事会议讨论这个问题，会上意见分歧，僵持不下。3月10r，拿破仑将他的最后决定通知了贝尔蒂埃：“命令已经下达，将这批战俘就地枪决。”战俘被押到海边，枪毙或是用刺刀刺死（为了节省弹药）。“海面上漂浮着死尸……我还是不去详细描述我亲眼所见的那种恐怖场面为好……至今想起这残暴的一幕仍然令我发抖……那是浴血的一天。”布列纳几年后这样回忆道。与此同时，法军也遭到了他们无法控制的灾难的折磨，鼠疫迅速在法军中蔓延开来。
离开雅法后他们向海法进军，3月1r，克莱贝尔轻而易举地攻克了海法。但是海法只是控制这个小小海湾的两个要塞之一，海湾另一端的要塞是阿克。
还是由于谍报的错误，次r到达阿克城下时，法军发现阿克城墙十分坚固，并有250门火炮严阵以待，迎接从海上或陆上来犯的敌人。尽管守军只有5；000人，但是法军缺乏海上的支援和攻城的重炮，而且驻守城堡的杰扎尔，这个波西尼亚奴隶出身的军人虽然已经有70 多岁了，却是个十分难以对付的、无所畏惧的老头。此外，两天前赶来的西德尼·史密斯部队更增加了守军的炮火威力并截断了拿破仑从亚历山大运往海法港的辎重后援。事实上，史密斯为守军提供了上千训练有素的炮手和数十门火炮。同时，拿破仑在布里埃纳军校的同学，现在是史密斯舰队的一名军官的菲利波，也帮助土耳其人和法国人为敌。由佩雷少将从达米塔运来的大炮还需要数周甚至一个月才能到达，太晚了，也太少了。更糟的是，史密斯护送奥斯曼帝国的运兵船前来增援杰扎尔，使法军的兵力更加处于优势。如果拿破仑如同原来计划的那样提前10天赶来，赶在史密斯的前面，而不在阿里什耽搁的话，攻占阿克可能要容易得多。而目前攻占阿克的形势不容乐观。尽管如此，拿破仑率领着4个师团开始了一场用挖地道的方法对城堡展开中世纪式的围城战。
第十一章 通往大马士革之路（2）
拿破仑担心在阿克城外遭到从大马士革向阿克近的土耳其军队的钳制，他于3月30r派他最信任的副官朱诺带领着500人去内陆侦察。4月10r，他们遭到了人数大大超过他们的数千敌人的包围，好在克莱贝尔率领的1；500人的小分队及时赶到将阿拉伯人击退。4月15r，缪拉率领的骑兵纵队越过约旦河，有效地拦截了大马士革的援兵。但是，法军的谍报和时间表再一次发生错误。由大马士革出发的约25；000人的骑兵和10；000人的步兵越过白雪覆盖的塔博山，出其不意地来到了克莱贝尔军队的面前——无论人数、弹药还是装备都远不及对方的克莱贝尔军一时束手无策。此时，拿破仑亲自率领着步兵师团翻过多石的山丘前来为克莱贝尔解围。虽然土耳其的兵力仍然是法军的9倍，但拿破仑出其不意的炮火将人数众多却纪律涣散的阿拉伯骑兵打得一败涂地，向大马士革的方向落荒而逃。这就是1799年4月16r的塔博战役，该战役成功地击退了大马士革的援兵，并且使法军能够集中兵力围攻阿克城。拿破仑的出击拯救了数千法军，不仅扭转了可能使法军陷入钳制包围的不利局面，反而对阿克城形成了钳制的态势。
但是，阿克城久攻不下，形势逐渐恶化。加之，卡弗雷里将军因手臂中弹在简陋的条件下截肢后于4月18r去世的消息使拿破仑深受刺激——他不仅失去了一位无人能够替代的军事工程师，而且还失去了一位在军中难得的他真正喜欢、尊敬和信赖的军人。而且，蒙r到达阿克不久就患上了疟疾，生命垂危，有几次险些死去。拿破仑常常数小时地守在昏迷不醒的蒙r的病床旁，不时地给他盖好毛毯。直到4月底，这位不屈的几何学者才得以死里逃生。
除了这个令人宽慰的消息外，没有任何可以让这位法军司令官高兴的消息了。4月15r，运炮的船终于到达雅法港，并于4月底运到了阿克城下，使拿破仑得以向杰扎尔的城堡发起猛攻。从5月1r到10r，攻城持续了10天，虽然一座塔楼被部分摧毁，形成了一个临时的突破口，但由于瘟疫的流行和大量的伤亡，法军拒绝踏着自己同伴腐烂的尸体攻城。在最后的进攻中，拉纳受了重伤，5月20r，邦将军和拿破仑的副官克鲁塞阵亡。
由于高级将领死的死、伤的伤，德热内特率领着由2；300伤病员组成的弹药和军需都十分匮乏的军队，对付由于受到来自罗得岛的援军和史密斯舰队火炮增援而变得更加强大的阿克守军。5月17r，拿破仑宣布他决定放弃围攻阿克返回开罗。但和以往一样，拿破仑必须挽回面子，这一