法军将阿克城下的大炮撤下，由雷尼尔将军形容枯槁的师团断后，拿破仑于5月20r离开阿克，和大病初愈的蒙r一道乘坐着他的轻便马车，由克莱贝尔将军的师团开路返回埃及。从卡梅尔山到雅法的4天行程中法军历尽磨难。“法国军队遭到难忍的饥渴的折磨。饮水极其缺乏，加上沙漠的炎热，士兵在灼热的流沙上行军，军心涣散，士气十分低落。”布列纳记述道，“我亲眼看到一位被截肢的军官被抬担架的人抛弃在路上……我看到被截肢的重伤员和无数被瘟疫折磨得奄奄一息的士兵被遗弃。经过的村庄、城镇和农田被愤怒的士兵放火焚烧。整个村庄一片火海。”法军
借一切机会发泄心中因军事失利和受到的磨难而郁积的悲哀。
我们完全被垂死的人、瘟疫患者和纵火者包围了……大火熊熊，浓烟遮天蔽r。我们的右面是大海，我们的左面和后面是沙漠和我们沿路留下的废墟。
5月24r，到达雅法，拿破仑发现没有船只给他运送伤病员。事实上，海军少将佩雷已经抛弃了陆军，在将大炮运送到之后就返回了埃及。拿破仑知道自己是没有能力将大量的伤员运回埃及的，但是又不愿意将他们留给土耳其和阿拉伯人的屠刀；他命令德热内特将伤员用鸦片毒死，医疗队的军官拒绝执行这项命令。拿破仑到医院探视了伤残者、瘟疫患者和眼炎患者。然后，他命令将重伤员留下，他命令在离开时将城墙炸掉。
拿破仑以胜利者的姿态回到开罗并发布了他最新的《陆军公告》，声称他“带回了许多战俘和军旗。我已将杰扎尔的宫殿和阿克城的堡垒彻底摧毁。我杀得敌人片甲不留，阿克城的市民全部从海上逃离。杰扎尔受重伤”。谎言！这一切从头至尾都是谎言。“我必须承认，记录拿破仑口授的这些军事报告是件痛苦的事。”布列纳说。但当他对此提出异议时，拿破仑只是一笑了之，说：“her（我亲爱的），你真是个傻瓜。你实在是什么也不懂。”布列纳不得不同意，他的确不理解这个人。
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第十一章 通往大马士革之路（3）
在率领着残兵败将回到开罗前，拿破仑就已经计划着放弃远征军回到法国去。他将要使用的借口是法国又一次与奥地利和俄国开战——法军犹豫不前，需要他回去收拾残局、重整旗鼓。拿破仑在围攻阿克城时就从报纸上得知了法军在欧洲战场失利以及巴黎政治局势不稳的消息。拿破仑在叙利亚战役中使尽浑身解数，却惨遭失败，损兵折将，损失约3；000人，加上在埃及战役中损失的7；000人，共损失约10；000人。他的3名副官和数名将军阵亡，大量其他军官不止一次受重伤。他的许多军官公开违抗他的命令，对埃及战役强烈不满。甚至连他的亲弟弟路易也背弃了他。全军的总军需官竟是个可耻的大骗子，已被他革职查办。尽管沿路抢劫，军需仍然匮乏，军费比来时减少了1/3。被征服的国家不断发生反叛，开罗成了灾难的，大瘟疫每天都夺去埃及人和法国人的生命。他的舰队被击沉。他的貌似辉煌却构思拙劣的远征完全失败了。
希望幻灭的拿破仑·波拿巴于6月14r回到了开罗的艾兹拜基耶广场上的宫殿。在开罗拿破仑也没有得到任何他希望的、出乎预料的好消息。相反，奥斯曼帝国的小舰队在西德尼·史密斯率领的皇家海军分舰队的保驾下，现在已经来到了海上，据报告正在向亚历山大进发。拿破仑不得不再一次靠他的军队和大海来抵御敌人的进攻，然后，他将从海上回到法国。拿破仑早已事先秘密安排了三桅快帆船，6月21r，他命令新任命的海军司令冈托姆赶紧备妥船只和粮食。拿破仑将把一支所剩无几的残破军队留在埃及，同时，由于6月埃及科学院的第一次重开的结果，他还要将那支医疗队也留在埃及。
拿破仑要求组成一个委员会报告叙利亚战役中法国军队所遭到瘟疫的影响程度，以便通过这样的统计说明大量人员伤亡的原因。通过这个报告他将推卸自己的责任，而医疗队将承担军队减员的主要罪责。这对于德热内特医生来说是太过分了——他跳起来指责拿破仑亲自命令他毒死了成千的伤员和瘟疫患者，而不将他们带回埃及治疗——他只愿为医疗队本身的责任负责，他指责拿破仑是要将罪责“加到每个人的头上”。他当场提出辞职，要求退役返回法国。拿破仑则当场拒绝了他的要求。他将这个医生留在了埃及，虽然拿破仑以后最不愿意在埃及见到的就是他。
返回巴黎后首要的也是最头疼的事情是如何解释当前的形势，拿破仑在报告中说：“叙利亚战役的最大的成功是，我们完全控制了整个沙漠地区，其结果我们在这一年内挫败了敌人侵略我们的计划……我们在这里建立了牢固的基础。”事实上，拿破仑在阿尔拉什的前哨基地并未得到巩固，整个埃及，包括埃及南部占全国2/3的领土都还没有在法军的控制