8月11r，拿破仑班师返回开罗。虽然他打了胜仗，但是情绪仍然很糟。从英国军舰那里得到的报纸上，拿破仑得知在他远征埃及期间，欧洲又组成了一个强大的反法同盟——儒尔当将军在莱茵河地区一败涂地；舍雷尔的意大利军在里沃利和其他地方都吃了败仗；英国海军成功地封锁了法国和西班牙；科浮岛已经丢失；马耳他遭到英国海军封锁，即将失守。远征军虽取得辉煌胜利，却远在异国，远水救不了近火，他也成了“自己征服的囚徒”。
与此同时，土耳其正在从陆路和海路调集兵力，埃及大部分地区仍未征服。拿破仑和他的高级将领之间的关系恶化。克莱贝尔仅出于对共和国的爱和责任感才勉强为拿破仑服务，但是德塞看来没有服从拿破仑早先下达的放弃南部向巴尔拜斯进军的命令。在听到这个消息后，拿破仑怒斥道：“得知你的行为后我一点都不高兴，将军公民……不论你的地位如何，军人必须服从命令。”拿破仑还第一次抱怨他最喜欢的扎约翁谢克将军无能。
最令拿破仑不安的是，尽管有蒙r在埃及科学院，但那里却仍然在酝酿着新的危险，公开的反叛情绪r益严重。因此，在得胜回到开罗后的第二天，拿破仑秘密地通知冈托姆将他最近在叙利亚和阿布基尔取得的战利品装船。拿破仑告诉冈托姆，他很快就会回到亚历山大港的。
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第十一章 通往大马士革之路（5）
虽然拿破仑离开埃及的计划是绝对机密的，不允许走漏半点儿风声，但在亚历山大港准备船只的蛛丝马迹还是引起了一些流言蜚语。除了布列纳、冈托姆和贝尔蒂埃之外，拿破仑连对蒙r也没有透露此事——因为蒙r不善于遁词， 怕他被人追问吐露真情，所以直到离开的那天才通知他。8月17r，迪盖对拿破仑抱怨道，“他们说您要离开埃及回法国，说您要带走蒙r、贝托莱、拉纳和缪拉”；尽管这只是谣传，但是“大大动摇了军心，希望您立即对此予以驳斥”。
为了掩人耳目。拿破仑派人放风说，他要去上埃及考察尼罗河三角洲。“我明天一早就要到三角洲去视察民间究竟有些什么不公正的情况，并对这个国家的人民有一个更加深入的了解。”他在17r召开的军事会议上这样说。对迪盖，拿破仑含糊其辞地说他要去地中海“研究敌人在地中海海岸的形势”。蒙r在埃及科学院受到同事追问时十分尴尬，假装糊涂，吞吞吐吐。他现在已经肯定传说是真的了。面对满腹狐疑而且很不想留在埃及的诗人格拉德梅森的再三追问，蒙r回答：“我的确一无所知。我想我们是要到下埃及去。”
8月17r晚10点，拿破仑的马车停在了埃及科学院门前，蒙r、贝托莱和德农匆匆带着行李上了车，向他们被出卖的同事说再见——尽管有些尴尬，但无疑有些脱离苦海的感觉。蒙r离开了他亲手创建的科学院，并从此不再回来。在厄尔费宫拿破仑的驻地，拿破仑向他的情妇波利娜·富雷丝随意地吻别，拿破仑告诉她他只出去几天就会回来的。事实上，他并不打算再见到她了，他从此也再没有见到她。
午夜时分，拿破仑带着他精心挑选的随从，包括布列纳、迪洛克1、拉瓦莱特、儒贝尔和法国未来的元帅：拉纳、缪拉、贝西埃尔2和贝尔蒂埃一行前往亚历山大。格拉德梅森要求同行，在蒙r的说情下，拿破仑勉强同意。
拿破仑一行四五百人抵达亚历山大港后，会见了梅努将军，命令他继续留在埃及。拿破仑又安排了一场明知自己不能赴约的约会，他邀请克莱贝尔将军到罗塞塔来，同他会商极为重要的事情；他留给克莱贝尔一封信，任命他接替自己，为埃及远征军总司令，负责指挥这支面临土耳其军再次进攻的军队。
在信中拿破仑说由于法国的形势危急，他不得不抱着深深的遗憾离开埃及，他有责任回去挽救祖国的命运。他还留下命令，让朱诺和德塞于秋季回国。拿破仑向克莱贝尔保证一旦回到法国，他会给埃及军补充必要的武器弹药和军需以及“能弥补最近几次战役损失的足够的生力军”。但是，如果埃及的形势继续恶化，拿破仑指示克莱贝尔：
你有权在允许你们撤离埃及的原则基础上与奥斯曼帝国签订和平条约……因为我乐于以后世的好评作为我一生中艰难困苦的报偿，我是抱着深深的遗憾离开埃及的。国家的利益、国家的荣誉、天职的责任感和国内发生的非常事态使我决定冲破敌人的舰队的重围， 回到欧洲。我的心永远和你们在一起……我委托给你的军队是由我的孩子们组成的……他们给了我他们的爱。
拿破仑相信这封信到克莱贝尔手上时，自己已经到海上了。正如布列纳说的那样，拿破仑没有勇气面对面地将信j给他的继承人克莱贝尔：“他想以此方式逃避克莱贝尔的责备和他倔强憨直的脾气。”拿破仑给克莱贝尔留下了一个烂摊子， 让克莱贝尔收拾由于自己的失算造成的埃及残局。克莱贝尔与拿破仑早先发生冲突之后，一直对拿破仑心怀不满；他