就在23r起锚之前，拿破仑给迪盖送去一封热情的信，信中说“一项紧急任务”要求他立即回法国去，并允许他回法国去担任立法院的职务。在其后的一封信中他告诉督政府：“我离开埃及前已经将一切都安排妥当……尼罗河比过去50年的任何时候都更加美丽。”可是，事实上，他留下的是焚烧的村庄、空虚的财政、一支受到战争、气候和瘟疫重创的士气十分低落的军队，随时可能遭到充满复仇和敌意的穆斯林的打击。在军中拿破仑的名字遭到众人的诅咒，除了德塞和已故的卡弗雷里之外，几乎所有的高级军官都提出过辞职和返回法国的要求。一支3万多人的军队，现在只剩下了不到12；000人。接替指挥的克莱贝尔在次年的6月，在他的花园里被身藏利刃的阿拉伯人刺杀身亡；而德塞后来的确回到了拿破仑的身边，在马仑戈战役中帮助拿破仑转败为胜，自己则饮弹身亡。接替克莱贝尔的梅努皈依了###教，改名为阿布杜拉，娶了一位年幼的阿拉伯少女为妻，他以叛国罪逮捕了忠实的雷尼尔将军并于1800年投降英国。埃及的大灾难就此告一段落。或者借用布列纳的说法：“损失惨重的远征就此告终。”
第十一章 通往大马士革之路（6）
对于拿破仑来说，远征埃及是他生活和事业的转折点。他对自己曾经热情爱恋的约瑟芬的信任动摇了，特别是后来证实她没有能力生儿育女后，他们的婚姻就此破裂了。对于法国军队，这场远征也是个十字关口。大多数军官后来都被英国人遣返回国，但他们中的绝大多数都不会忘记并宽恕拿破仑在关键时刻抛弃和背叛他们的行径。后来他们中的大多数都晋升高位，有的甚至当上了法国元帅，但他们都知道拿破仑·波拿巴是个言而无信的人——他在关键时刻是会为了保存自己而舍弃别人的人。拿破仑也第一次意识到自己的能力和观念都是有限的。当法国在欧洲处于孤立无援的境地时，远征埃及显得毫无战略意义。再者，这场战役的轻率构思和草率的执行使2/3曾经对他寄予厚望的法兰西共和国远征军命归黄泉，给他们的家庭带来了无法弥补的伤害。
然而，具有讽刺意味的是，这场惨遭失败的远征可能是拿破仑一生中最伟大的事件之